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NMR spectroscopy

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최초등록일 2024.09.26 최종저작일 2024.03
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NMR spectroscopy
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    • 🔬 고급 NMR 분광학 실험 방법론 상세 분석
    • 🧪 N,N-dimethylacetamide의 cis-trans isomerization 메커니즘 심층 연구
    • 📊 실험 데이터 처리 및 오차 분석 방법론 제시

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    목차

    1. Abstract
    2. Data & Results
    3. Discussion
    4. Homework
    5. Reference

    본문내용

    1. Abstract
    본 실험에서는 2차원 Fourier transformation NMR을 통해 세차운동과 핵스핀의 성질을 이용한 NMR 분광학의 원리를 이해하는 것이 목적이다. 이를 위해 acetone-d6를 용매로 사용하여 2D exchange spectroscopy로 N,N-dimethylacetamide의 cis-trans isomerization의 속도 상수와 활성화 에너지를 구하는 실험을 진행했다. 각 온도에서 mixing time을 변화시키며 구한 속도 상수는 각각 298.1K에서 0.4868 s-1, 303.1K에서 0.8266 s-1, 308.1K에서 1.3650 s-1, 313.1K에서 2.2064 s-1이다. 온도에 대한 속도 상수의 결과를 바탕으로 Arrhenius 식을 사용해 얻은 이 반응의 활성화 에너지는 78.16 kJ/mol = 18.68 kcal/mol이다. 이 과정에서 NMR의 주요 과정을 진행하는 이유와 그 원리를 알고, 2D EXSY를 활용하기 위한 분자의 특성을 공부한다. 또한 N,N-dimethylacetamide의 공명 구조를 통해 cis-trans isomerization의 energy barrier가 갖는 특성을 분석하고, 실험에서 구한 속도 상수와 활성화 에너지의 오차 원인을 계통 오차와 우연 오차 및 2D EXSY 기법 자체에서 기인하는 내재 오차의 관점에서 분석한다.

    2. Data & Results
    Cis-trans isomerization의 속도 상수 k를 구하기 위해 mixing time을 변수로 하는 아래와 같은 식을 사용하였다.
    이때 mixing time에 대한 diagonal peak의 세기 a_diag (τ_m)와 cross peak의 크기 a_cross (τ_m)은 실험을 통해 구한 각 peak의 세기이므로 이론상 하나의 값으로 나와야 하나, 실험 값의 오차를 고려

    참고자료

    · van Zijl, P. The Use of Deuterium as a Nucleus for Locking, Shimming, and Measuring NMR at High Magnetic Fields. Journal of Magnetic Resonance (1969) 1987, 75, 335–344.
    · Barna, J. C. J.; Laue, E. D.; Mayger, M. R.; Skilling, J.; Worrall, S. J. P. Exponential Sampling, an Alternative Method for Sampling in Two-Dimensional NMR Experiments. Journal of Magnetic Resonance (1969) 1987, 73 (1), 69–77.
    · Charles L. Perrin and Tammy J. Dwyer, “Application of two-dimensional NMR to kinetics of chemical exchange.”, Chem. Rev. 1990, 90, 6, 935–967.
    · Atkins, P. W.; Julio De Paula; Keeler, J. Atkins’ Physical Chemistry, 11th ed.; Oxford University Press: Oxford, 2018, pp.506-508.
    · Jarek, R. L.; Flesher, R. J.; Shin, S. K. Kinetics of Internal Rotation of N,N-Dimethylacetamide: A Spin-Saturation Transfer Experiment. Journal of Chemical Education 1997, 74 (8), 978.
    · Gasparro, F. P.; Kolodny, N. H. NMR determination of the rotational barrier in N,N-dimethylacetamide. A physical chemistry experiment. Journal of Chemical Education 1977, 54 (4), 258.
    · Stryer, L.; Berg, J.; Tymoczko, J.; Gatto, G. Biochemistry; 9th ed.; WH Freeman, 2019.
    · Wiberg, K. B.; Rablen, P. R.; Rush, D. J.; Keith, T. A. AMIDES. 3. Experimental and theoretical studies of the effect of the medium on the rotational barriers for N,N-Dimethylformamide and N,N-Dimethylacetamide. Journal of the American Chemical Society (Print) 1995, 117 (15), 4261–4270.
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    · Traficante, D. D.; Masoumeh Rajabzadeh. Optimum Window Function for Sensitivity Enhancement of NMR Signals. Concepts in magnetic resonance 2000, 12 (2), 83–101.
    · Traficante, D. D.; Nemeth, G. A. A new and improved apodization function for resolution enhancement in NMR spectroscopy. Journal of Magnetic Resonance (Print) 1987, 71 (2), 237–245.
  • AI와 토픽 톺아보기

    • 1. NMR 분광학의 원리
      NMR 분광학은 화학 및 생물학 연구에서 매우 중요한 분석 기술입니다. 이 기술은 분자 구조와 동역학을 연구하는 데 사용됩니다. NMR 분광학의 원리는 핵자기 공명 현상을 기반으로 합니다. 외부 자기장 하에서 특정 원자핵이 흡수하거나 방출하는 전자기파의 주파수와 세기를 측정하여 분자 구조와 화학적 환경에 대한 정보를 얻을 수 있습니다. 이를 통해 화합물의 정성 및 정량 분석, 분자 동역학 연구, 단백질 구조 분석 등 다양한 응용 분야에 활용할 수 있습니다. NMR 분광학은 비파괴적이고 선택성이 높은 분석 기술로 널리 사용되고 있으며, 지속적인 기술 발전을 통해 더욱 다양한 응용이 가능할 것으로 기대됩니다.
    • 2. NMR의 주요 과정
      NMR 분광학의 주요 과정은 다음과 같습니다. 첫째, 시료를 강한 외부 자기장에 놓습니다. 이때 핵자기 모멘트를 가진 원자핵들이 자기장에 의해 에너지 준위로 분리됩니다. 둘째, 시료에 적절한 주파수의 전자기파를 가해 원자핵들을 특정 에너지 준위로 여기시킵니다. 셋째, 여기된 원자핵들이 다시 기저 상태로 돌아가면서 방출하는 전자기파의 주파수와 세기를 측정합니다. 넷째, 이 데이터를 분석하여 분자 구조, 화학적 환경, 분자 동역학 등에 대한 정보를 얻습니다. 이러한 과정을 통해 NMR 분광학은 화학, 생물학, 재료 과학 등 다양한 분야에서 중요한 분석 기술로 활용되고 있습니다. 향후 기술 발전으로 더욱 정밀하고 효율적인 NMR 분석이 가능해질 것으로 기대됩니다.
    • 3. EXSY로 속도 상수 측정을 위한 분자 특성
      EXSY(Exchange Spectroscopy)는 NMR 분광학에서 분자 동역학 연구에 널리 사용되는 기법입니다. EXSY를 통해 분자 내 또는 분자 간 교환 과정의 속도 상수를 측정할 수 있습니다. 이를 위해서는 분자의 특성이 중요합니다. 첫째, 분자 내 또는 분자 간 교환 과정이 존재해야 합니다. 예를 들어 cis-trans 이성질화, 리간드 교환, 수소 결합 등의 과정이 있어야 합니다. 둘째, 교환 과정에 참여하는 핵종이 NMR 활성이어야 합니다. 일반적으로 1H, 13C, 15N 등의 핵종이 사용됩니다. 셋째, 교환 과정의 속도가 NMR 시간 스케일 내에 있어야 합니다. 너무 느리거나 너무 빠르면 EXSY 실험으로 속도 상수를 측정하기 어렵습니다. 이러한 분자 특성을 고려하여 EXSY 실험을 설계하면 분자 동역학 연구에 유용한 정보를 얻을 수 있습니다.
    • 4. N,N-dimethylacetamide의 cis-trans isomerization
      N,N-dimethylacetamide(DMA)는 cis-trans 이성질화 반응이 잘 알려진 화합물입니다. DMA의 cis-trans 이성질화는 분자 내 C-N 결합의 부분적 이중 결합 특성으로 인해 발생합니다. 이 과정은 NMR 분광학을 통해 잘 연구되어 왔습니다. EXSY 실험을 통해 DMA의 cis-trans 이성질화 속도 상수를 측정할 수 있으며, 이를 통해 분자 동역학 및 반응 메커니즘에 대한 정보를 얻을 수 있습니다. 또한 용매, 온도, 압력 등 외부 요인이 cis-trans 이성질화에 미치는 영향을 연구함으로써 분자 구조와 반응성의 상관관계를 이해할 수 있습니다. DMA의 cis-trans 이성질화 연구는 NMR 분광학의 응용 사례를 보여주는 좋은 예라고 할 수 있습니다.
    • 5. 속도 상수 및 활성화 에너지의 오차 원인
      NMR 분광학을 통해 측정한 속도 상수 및 활성화 에너지에는 다양한 오차 요인이 존재합니다. 첫째, 시료 준비 과정에서 발생할 수 있는 오차입니다. 시료의 농도, 순도, 균일성 등이 정확하지 않으면 측정값에 영향을 줄 수 있습니다. 둘째, 실험 조건의 오차입니다. 온도, 압력, pH 등의 실험 조건이 정확하게 제어되지 않으면 속도 상수 및 활성화 에너지 측정에 오차가 발생할 수 있습니다. 셋째, 데이터 분석 과정의 오차입니다. 피크 면적 적분, 피크 분리, 피크 높이 측정 등의 데이터 처리 과정에서 오차가 발생할 수 있습니다. 넷째, 이론 모델의 한계입니다. 실제 분자 동역학은 복잡하여 단순한 이론 모델로는 정확한 속도 상수 및 활성화 에너지를 예측하기 어려울 수 있습니다. 이러한 오차 요인들을 최소화하기 위해서는 실험 설계, 데이터 분석, 이론 모델링 등 전반적인 과정에서 세심한 주의가 필요합니다.
    • 6. NMR 신호의 감도와 해상도 개선 방법
      NMR 분광학에서 신호의 감도와 해상도를 높이는 것은 매우 중요합니다. 감도 향상을 위해서는 다음과 같은 방법을 고려할 수 있습니다. 첫째, 더 강력한 자기장을 사용하여 핵자기 모멘트의 에너지 준위 차이를 증가시킬 수 있습니다. 둘째, 더 많은 핵종을 검출할 수 있는 프로브를 사용할 수 있습니다. 셋째, 더 긴 측정 시간을 통해 신호 대 잡음비를 높일 수 있습니다. 넷째, 동위원소 표지 기술을 활용하여 특정 핵종의 신호를 증폭시킬 수 있습니다. 해상도 향상을 위해서는 다음과 같은 방법을 고려할 수 있습니다. 첫째, 더 강력한 자기장을 사용하여 화학적 이동 차이를 증가시킬 수 있습니다. 둘째, 더 좁은 선폭을 가진 신호를 얻기 위해 균일한 자기장 환경을 조성할 수 있습니다. 셋째, 다차원 NMR 기법을 활용하여 신호 간 중첩을 해결할 수 있습니다. 이러한 다양한 방법을 통해 NMR 분광학의 감도와 해상도를 지속적으로 개선할 수 있습니다.
  • 자료후기

      Ai 리뷰
      본 실험에서는 NMR의 주요 과정인 locking, shimming, exponential multiplication을 거쳐 실험을 진행하였고, EXSY 기법을 통해 관찰하고자 하는 분자의 특성을 고려하여 N,N-dimethylacetamide의 cis-trans isomerization을 분석하였다.
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