유전자 지도 작성(Linkage map, Physical map)

소개

유전자 지도 작성 방법과 그에 이용되는 marker, vector들을 조사하였습니다. Linkage map, Physical map 두 가지 유전지도의 정의와 작성, 활용, 그리고 서열 비교를 통한 두 지도의 통합 등을 다루었습니다.

목차

Ⅰ. Linkage map
1. Linkage map ; 유전자의 상대적인 위치를 나타내는 유전지도
*고밀도 연관지도
2. The making of large scale linkage map
3. marker typing
1) SSR(Simple Sequence Repeat) marker
2) SNP(Single Nucleotide Polymorphism) marker
-SNP 동정
-SNP validaton

Ⅱ. Physical map
1. large scale physical map
-bottom up approach
-top down approach
*라이브러리에서 중복되는 fragment를 분리하고 식별하는 방법
2. 물리적지도 기술
*top down approach를 위한 FISH
*physical mapping 시, 큰 insert를 클로닝할 때 사용되는 벡터
3. Hierarchical shotgun approach
4. Whole genome shotgun approach

Ⅲ. Linkage map, Physical map, Sequence map의 통합.

본문내용

Ⅰ. Linkage map
1. Linkage map ; 유전자의 상대적인 위치를 나타내는 유전지도
DNA marker들(유전자와 다른 식별 가능한 DNA 서열/SNP, SSR)의 유전적 성질 패턴에 따라 그들의 상대적인 염색체 위치를 나타낸다. 지도에서 마커간 거리는 그들이 얼마나 자주 함께 유전되는지에 대한 빈도를 나타낸다. 유전적 연관 지도는 가계 트리 내에서 두 개의 마커가 얼마나 빈번하게 같이 유전되는지를 관찰함으로써 구축된다.
*고밀도 연관지도:
전통적인 연관 분석은 쉽게 파악할 수 있는 표현형을 분석하여 유전자 좌위를 결정할수 있는데 (예를 들어 색깔과 모양)이러한 좋은 표현형 마커의 수가 상대적으로 제한이 있다는 것이다. 게다가 하나의 표현형은 여러 가지 유전자로 암호화되어 있다. 예를 들면 mice의 하얀색 반점은 여러 가지 유전자로 암호화 되어있다. 이런 전통적인 연관지도로서는 인간의 유전자를 연관지도로 분석할 수 없다. 왜냐하면 인간을 인공적으로 교배시켜 배양할 수 없기 때문이다.

2. The making of large scale linkage map
인간의 게놈으로 연관지도를 만들기 위해서는 SNP와 SSR을 사용한다.
SNP는 single nucleotide polymorphism 으로 염색체상의 하나의 뉴클레오타이드가 다른 뉴클레오타이드로 치환된 것을 말하며, 만약 SSR과 SNP가 유전자내에 존재하고 있다면 이것들은 변화를 불러 일으켜 유전자 기능에 심한 영향을 주거나 아무런 영향을 주지 않을 수 있다. 이러한 SSR과 SNP를 DNA marker로 사용하여 유전자 연관지도를 완성할 수 있다. 상호간의 연관성을 보여주는 유전자로는 다음과 같은 것들이 있다. orthologous gene 은 그들의 서열유사성으로 정의된다. 이 유전자는 서로 다른 두 종의 사이에서 발견되는데, 두 종의 공통조상에 존재했던 하나의 유전자로부터 발생하여 종이 분화할 때 공통적으로 물려받은 유전자이다. orthologous gene은 homologous gene의 일반적인 범주에 포함된다. homologous gene은 진화적인 역사로 거슬러 올라가 어딘가에 진화적으로 연관되어있는 유전자서열을 말한다. 즉, orthologous gen

참고자료

· 인터넷