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[생물공정실험] 3주차 Gene expression analysis by RT-PCR 예비보고서2025.04.261. cDNA 정의 및 합성 방법 cDNA(complementary DNA)는 RNA를 주형으로 역전사효소와 DNA 중합효소에 의해 합성된 DNA입니다. 역전사효소를 이용한 cDNA 합성에서는 RNA와 annealing 위치에 따라 3종류의 primer를 사용할 수 있습니다. (1) 역전사 효소 (reverse transcriptase; RTase), (2) RT반응에 사용하는 primer (oligo dT primer, random primer, gene-specific primer). 2. Downstream applicatio...2025.04.26
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생물공정실험 결과보고서 - Gene Expression Analysis by RT-PCR2025.01.041. Reverse Transcription PCR (RT-PCR) 이 실험의 목적은 reverse transcription PCR을 통해 얻은 cDNA 샘플을 real-time PCR로 증폭시키는 것입니다. 다양한 시약을 사용하여 cancer cell과 ADSC cell의 유전자 발현, 특히 housekeeping gene인 GAPDH와 target gene인 Thy-1의 발현 차이를 분석하고자 합니다. 2. Real-time PCR 분석 실험 결과를 통해 ΔCt 값을 계산하여 각 세포주에서 target gene인 Thy-1이 h...2025.01.04
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유전자와 유전자 활성 연구를 위한 분자도구2025.01.181. 서던블롯 서던블롯은 특정 DNA 절편을 동정하는 데 사용되는 기술입니다. 이 방법은 genomic DNA를 제한효소로 자른 후 아가로스 겔 전기영동을 통해 크기별로 분리합니다. 그리고 DNA를 변성시켜 nitrocellulose 또는 nylon 멤브레인으로 이동시킵니다. 이렇게 이동된 DNA는 방사선 동위원소나 비방사선 물질로 표지된 DNA 또는 RNA 탐침과 하이브리다이제이션되어 자기방사법 등을 통해 검출됩니다. 이 기술은 genomic DNA뿐만 아니라 plasmid, cosmid, bacteriophage 등의 분석에도 ...2025.01.18
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분자생물학실험-DNA전기영동 실험보고서2025.05.011. DNA 전기영동 DNA 전기영동은 DNA 분자를 전기장 내에서 이동시켜 크기에 따라 분리하는 기술입니다. 이 실험에서는 plasmid extraction kit를 사용하여 DNA를 추출하고, 아가로스 겔 전기영동을 통해 DNA 단편을 분리하였습니다. PA1 버퍼는 RNase A를 첨가하여 사용하며, 4도에서 보관해야 합니다. W2 버퍼는 염과 용해성 잔해를 제거하고, EA 버퍼는 DNA 용출에 사용됩니다. 1. DNA 전기영동 DNA 전기영동은 생명과학 분야에서 매우 중요한 기술입니다. 이 기술을 통해 DNA 분자의 크기와 전...2025.05.01
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세포생물학실험 만점(A+) 실험 보고서(레포트) 09. TUNEL staining2025.01.181. 면역 염색법 면역 염색법(Immunostaining)은 세포 또는 조직에서 특정 분자, 단백질 등을 항체를 이용해 가시화하는 방법으로, 특정 단백질에 선택적으로 결합하는 항체를 세포나 조직에 반응시킨 후, 항체의 결합 반응 후 그 항체의 위치를 관찰하는 생화학적인 방법이다. 면역 조직 화학 염색법(IHC), 면역 세포 화학 염색법(ICC), 면역 형광법(IF) 등이 존재한다. 2. TUNEL 염색법 TUNEL (TdT-mediated dUTP-bio-tin nick end-labeling method) 염색법은 세포자연사 과정...2025.01.18
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구강상피로부터 유전자의 추출 (HKG 이용 PCR & 전기영동) 실험 보고서2025.05.141. PCR (Polymerase Chain Reaction) PCR은 DNA를 증폭하는 기술로, 3단계(Denaturation, Annealing, Extension)로 구성되어 있다. Denaturation 단계에서는 dsDNA가 ssDNA로 분리되고, Annealing 단계에서는 Primer가 ssDNA에 결합한다. Extension 단계에서는 Taq Polymerase가 Primer를 시작점으로 DNA를 합성한다. 이 과정이 반복되면서 DNA가 지수적으로 증폭된다. 2. 전기영동 (Electrophoresis) 전기영동은 D...2025.05.14
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[환경공학실험] PCR 및 전기영동법2025.01.131. PCR (중합효소 연쇄반응) PCR은 유전자를 증폭하는 방법으로, 이미 알고 있는 일부의 염기서열 중 특정 DNA 부위를 반복 합성하여 원하는 DNA 분자를 증폭시키는 방법이다. PCR은 보통 25 ~ 35 cycle로 실시하며, 이를 통해 특정 부위의 DNA를 수시간 내에 어마어마하게 증폭할 수 있다. 증폭된 DNA는 다양한 실험에 이용될 수 있고, 의학연구에 응용할 수 있다. 2. 전기영동법 전기영동법은 주로 생체 고분자들의 성질을 연구하고, 그것들을 분석, 분리, 정제하는 중요한 방법 중 하나이다. DNA, RNA, 단백...2025.01.13
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람다 파지 DNA 관찰, PFU test 및 Optical mapping_서강대학교 바이오융합기술프로젝트1 레포트2025.01.191. λ phage DNA 관찰 실험에서는 DNA damaging을 이해하기 위한 첫 단계로 λ phage를 이용하여 DNA observation을 진행하였다. DNA가 포함된 plug에 proteinase K를 처리하여 phage의 구조 단백질과 DNase를 제거하고, (+)전하 cover glass 위에 DNA를 고정시켜 관찰하였다. PDMS nanochannel을 사용하여 DNA가 일직선으로 펴지도록 하여 관찰하였다. 2. PFU test PFU test를 통해 미지의 농도의 λ phage 용액 내 phage 입자의 개수를 확...2025.01.19
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서울대학교 물리분석실험 FRET(2024)2025.01.231. FRET(Forster resonance energy transfer) FRET은 두 dye 사이의 non-radiative energy transfer로, donor dye가 들뜬 상태가 되면 acceptor dye에게 에너지를 전달한 뒤 바닥 상태로 돌아가는 현상이다. FRET efficiency는 실험적으로 측정되며 이로부터 두 색소 사이의 거리를 계산할 수 있다. 반대로, TCSPC(Time correlated single photon counting)를 이용해 형광 lifetime을 측정하면 이를 이용해 FRET ef...2025.01.23
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새로운 박테리아 종 동정을 위한 DNA 추출2025.05.081. DNA 추출 과정 본 실험에서는 미지 균주의 DNA를 추출하는 과정을 수행하였다. 균주를 PBS에 현탁하고 원심분리하여 세척한 뒤, lysozyme과 SDS를 처리하여 세포를 용균시켰다. 이후 PCI, chloroform을 이용하여 단백질과 불순물을 제거하고 에탄올 침전을 통해 DNA를 회수하였다. 최종적으로 0.1x SSC 완충액에 녹여 DNA 농도를 측정하였다. 그러나 260/280, 260/230 비율이 이상적인 수준에 미치지 못하여 순수한 DNA 추출에는 어려움이 있었던 것으로 나타났다. 2. DNA 추출 시약의 역할 ...2025.05.08
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