3주차_agarose gel electrophoresis

목차

I. Purpose

II. Theory
1. Gel electrophoresis의 원리
2. Agarose gel electrophoresis에 의한 DNA 분석의 원리
3. Staining reagent
4. Gel loading dye

III. Apparatus/reagent

IV. Procedure
1. Agarose gel 만들기
2. Agarose Gel Electrophoresis 사용법

V. 사용 할 Ladder/Sample

VI. Data&Results
1. 1X loading dye, 1X TAE buffer 제조
2. sample 1, DEPL 사용
3. gel electrophoresis 결과

VII. Discussion

본문내용

Purpose: 전기 영동의 원리를 이해하고 이를 이용하여 DNA의 크기를 확인해 본다.

Theory
1. Gel electrophoresis의 원리
gel electrophoresis는 전기 영동으로, 단백질, 핵산과 같이 전하를 가진 물질이 전기장 존재 환경에서 반대쪽 극을 향해 움직이는 성질을 이용해서 물질을 분리한다. gel electrophoresis에 서 분자의 이동속도에 영향을 주는 요인은 크게 입자 요인과 환경 요인으로 나눌 수 있다. 입 자 요인에는 입자가 가진 전하량, 입자의 크기와 모양 등이 있고, 환경 요인에는 pH와 점성도, 이온 농도, 이온 세기와 gel의 종류 등이 있다.
Gel electrophoresis에서 입자의 이동속도는 전기 이동도(μ)를 통해 이해할 수 있는데, 전기 이동도는 전기장 조건에서 하전된 입자의 이동 속도를 의미한다. 전기 이동도는 다음 식을 통 해서 이해할 수 있다.

<중 략>

2. Agarose gel electrophoresis에 의한 DNA 분석의 원리
Gel electrophoresis에 사용하는 gel은 콜로이드 용액을 굳혀서 만든 것으로, 핵산의 경우 agarose를, 단백질의 경우 polyacrylamide를 사용한다. 이번 실험에서 사용하는 agarose gel은 해초에서 얻은 다당류로, 수소 결합을 통해 투명한 3차원 구조를 형성하기 때문에 열을 가했 을 때 녹거나, 기존 구조가 파괴되어 정확한 분리가 어렵다. polyacrylamide에 비해 큰 pore를 갖기 때문에, 크기가 큰 DNA를 분리할 때 유용하며, 크기가 작은 DNA를 분리할 때는 polyacrylamide gel을 이용하는 것이 높은 resolution을 얻을 수 있다. Agarose gel은 polyacrylamide와 비교해서 가격, 안전, 편리함의 측면에서 유용하기 때문에 실험에서 자주 사 용된다.

참고자료

· Jeremy M.Berg, Biochemistry 8th, W.H. Freeman, 2015, pp152-155