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인천대학교 나노바이오실험(1) Bioinformation2025.01.141. Bioinformatics 바이오인포매틱스(bioinformatics)는 생물학적인 문제를 응용수학, 정보과학, 통계학, 컴퓨터 과학, 인공지능, 화학, 생화학 등을 이용하여 주로 분자 수준에서 다루는 학문이다. 주 연구 분야는 서열 정렬, 유전자 검색, 유전자 조합, 단백질 구조 정렬, 단백질 구조 예측, 유전자 발현의 예측, 단백질 간 상호작용, 진화모델 등 다양하다. 2. NCBI NCBI는 미국의 대표적 국가 생정보학 기관으로, NCBI의 Gene에서 target 유전자를 검색하고 FASTA를 클릭하면 sequence ...2025.01.14
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생물공정실험 결과보고서: Bacterial identification2025.01.041. Bacterial identification 이 실험 보고서는 Durham test와 Gram staining을 통해 샘플 박테리아를 식별하는 내용을 다루고 있습니다. Durham test 결과, 1조의 박테리아는 E. coli로 확인되었고, 2,3조의 박테리아는 Enterococcus faecalis와 Salmonella typhimurium으로 추정되었습니다. Gram staining 결과, 1,2조의 박테리아는 그람 음성균, 3조의 박테리아는 그람 양성균으로 확인되었습니다. EMB agar 실험을 통해 1조의 E. col...2025.01.04
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Bioinformation: Analyzing Gene Sequences Using NCBI and BioEdit2025.01.061. 코돈(Codon) 코돈은 DNA에서 전사된 mRNA의 3염기 조합을 의미합니다. mRNA의 유전암호의 단위로, 이것에 의해 세포 내에서 합성되는 아미노산의 종류가 결정됩니다. 개시코돈(AUG)은 단백질 번역을 시작하는 첫 번째 코돈이며, 종결코돈(UAA, UAG, UGA)은 단백질 합성 과정이 끝났음을 알리는 신호로 작동합니다. 2. NCBI 데이터베이스 활용 NCBI(National Center for Biotechnology Information)는 웹 기반 생물학 데이터베이스로, 유전자 및 단백질 정보를 얻을 수 있습니다...2025.01.06
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Kernel PCA & Spectral Clustering2025.01.131. Kernel PCA Kernel PCA는 편향이 큰 실세계의 데이터를 분석하는데 어려움이 있고, outlier data에 매우 민감한 linear PCA의 단점을 보완하기 위해 kernel trick을 수행한다. 하지만 분산이 가장 큰 축으로 데이터들을 정사영 시킬 뿐, clustering algorithm을 적용하지는 않는다. 2. Spectral Clustering Spectral Clustering은 군집화를 더 쉽게 하기 위해서 유사도 행렬 A를 통해 데이터들을 변형된 공간에 넣고, 후에 clustering algori...2025.01.13
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식물분자생물학실험 Histochemical GUS assay 결과보고서2025.01.181. GUS assay GUS assay는 Escherichia coli β-glucuronidase gene uidA (GUS)를 식물에서 reporter gene으로 활용하는 방법으로, 형광 측정, 분광 광도 측정 또는 조직화학적 기술을 통해 목적 유전자의 발현 위치를 확인할 수 있다. GUS assay는 높은 감도, 효소 안정성, 단순성으로 인해 자주 활용되며, 특히 histochemical staining을 통해 endogenous promoter activity를 관찰하는데 유용하다. 2. GUS 염색 원리 GUS assa...2025.01.18
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PlasmidDNA Purification & Sanger Sequencing 보고서2025.01.211. Bacterial transformation 박테리아 transformation은 특정 DNA 조각을 박테리아의 유전체 내로 삽입하여 새로운 유전형질이 발현되도록 하는 방법입니다. 박테리아 plasmid는 restriction enzyme이 작용하는 multicloning site와 항생제 내성 유전자를 가지고 있어 외부 유전 물질을 자유롭게 삽입할 수 있습니다. 이를 통해 약 8kb의 긴 DNA 조각을 박테리아 plasmid에 삽입하여 복제할 수 있습니다. 2. Liquid LB culture 및 Colony inoculat...2025.01.21
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Metagenomics 미생물 실험보고서2025.05.061. Metagenomics Metagenomics는 현재 약 99%의 미생물배양이 어렵다는 실험적인 한계를 보완하는 방법으로 직접환경샘플에서 DNA를 추출하여 Next-generationsequencing(NGS)를 진행하여 다양한 플랫폼을 이용하여 미생물의 군집구조(microbial community) 및 메타유전체(metagenome)를 분석하는데 이용되고 있다. 2. 토양 샘플 분석 이번 실험에서는 주변환경의 토양 sample을 채취하여 유전체 분석을 하는 방법을 이용했으며, 실험 과정은 토양 sample채취, 토양 samp...2025.05.06
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gene expression2025.01.181. Promoter Promoter은 RNA polymerase가 DNA에 결합하도록 하는 역할을 하기에 gene expression에 필수적이다. Promoter region은 언제, 어디서 특정한 gene이 발현되는지를 조정한다. 몇몇 promoter은 자체적으로 특수한 성질을 가지기도 한다. 2. ORF (Open Reading Frame) promoter에서 transcription이 시작된 부분 중에서 initiation codon(5'-ATG-3', Met)부터 stop codon(5'- TAA, TAG, TGA-3')...2025.01.18
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Data Similarity and Distance를 측정하는 measure2025.01.131. Text Similarity Measures 문서의 실제 길이에 민감하지 않은 cosine measure는 두 문서 간의 각도를 계산하여 유사도를 측정합니다. 단순한 특성 간의 raw frequencies를 사용하지만, global statistical measures를 사용하여 유사도 측정을 향상시킬 수 있습니다. 또한 binary 다차원 데이터의 경우 유사도를 다른 방식으로 나타낼 수 있습니다. 2. Temporal Similarity Measures 시간축 데이터는 시간에 따른 single contextual attrib...2025.01.13
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Site-directed mutagenesis, DNA sequencing2025.01.221. GFP (green fluorescent protein) GFP는 Aequorea victoria로부터 추출한 형광 단백질로, 빛을 흡수하여 형광을 발광한다. GFP는 11개의 β-sheet가 β-barrel 구조를 이루고 있으며, barrel 내의 chromophore가 빛을 흡수하여 전자를 excitation시키고 바닥 상태로 돌아가면서 형광을 방출한다. GFPuv는 GFP의 variant 중 하나로, UV(ultra violet)을 흡수하여 형광을 방출한다. 2. Site-directed mutagenesis Site-d...2025.01.22
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