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1. 미생물의 분류와 명명법
1.1. 미생물의 분류법
1.1.1. 자연분류법
자연분류법은 미생물의 계통발생을 기초로 한 유연관계에 따라서 분류하는 방법이다. 계통적 분류법이라고도 불리는 이 방법은 주로 곰팡이에 적용되며, 미생물의 경우 화석의 부족으로 인해 어려움이 있다. 자연분류법은 계통발생학적인 유연관계에 따라 체계화되지만, 상대적으로 주관적이고 객관성이 결여된다는 한계가 있다. 이에 반해 인위적인 분류 방법인 인공 분류법과 분자생물학적 분류법 등이 발전해 왔으며, 이들 방법은 계통발생보다는 형태학적 특징이나 유전적 유사성에 초점을 맞추고 있다. 결과적으로 미생물 분류에 있어서 다양한 접근법이 동원되고 있으며, 각 방법론의 장단점을 고려하여 적절히 활용되고 있다고 볼 수 있다."
1.1.2. 인공 분류법
인공 분류법은 미생물의 유연관계 등의 계통을 고려하지 않고 형태학적 특징을 기초로 하는 인위적인 분류방법이다"" 이와 같은 인위적인 방법으로 설정된 속은 전형적 속(form genus)이라고 한다"" 이러한 인공분류법은 미생물의 계통발생학적인 유연관계에 따라 체계화하지 않고, 단순히 형태학적 특징에 따라 분류하는 방식이다"" 따라서 이 방법으로는 미생물의 진화적 관계를 반영하지 못하는 한계가 있다""
1.1.3. 분자생물학적 분류법
분자생물학적 분류법은 각 균종이 가지는 DNA를 구성하는 nucieotide배열의 차이에 따라 미생물을 분류하는 방법이다"". 이는 가장 이상적인 유연관계 비교 방법으로 여겨진다.
DNA의 염기조성 G + C 또는 A + T의 양은 균종에 따라 일정하다는 것을 활용하여 미생물을 분류한다. 또한 DNA의 상동성(DNA-homology test)을 통해 미생물 간 염기배열의 유사성을 추정할 수 있다. 이러한 DNA 교잡법(DNA hybridization test)은 실제 DNA 염기배열의 유사성을 분석함으로써 가장 정확한 유연관계를 파악할 수 있는 방법이다"".
분자생물학적 분류법은 기존의 미생물 분류법에 비해 객관성과 정확성이 높다는 장점이 있다. 하지만 이를 위해서는 고도의 실험기술과 장비가 필요하며, 모든 미생물에 대해 DNA 정보를 분석하기 어렵다는 단점도 있다. 따라서 분자생물학적 분류법은 다른 분류법들과 병행하여 보완적으로 활용되고 있다"".
1.1.4. 생물학적 분류법
생물학적 분류법은 미생물의 생화학적 특성, 즉 세포벽의 조성, cytochrome 조성, 탄수화물 대사에 관여되는 여러 효소, lysine 합성경로 등의 차이에 따라 분류하는 방법이다. 미생물의 세포성분, 특히 미토콘드리아의 전자전달계에 관여하는 ubiquinone(coenzyme Q)의 구조와 세포벽 구성성분 및 조성 등이 미생물의 종류에 따라 특징적이므로 이를 활용한다. 곰팡이의 경우 세포벽 다당류의 proton magnetic resonance spectrum 분석을 통해 mannan 구조를 기준으로 하여 유연관계를 추정할 수 있다. 이처럼 미생물의 생화학적 특성을 토대...
