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1. 양심적 병역거부와 대체복무제도
1.1. 양심적 병역거부의 현황
과거 병역거부자는 거의 대부분 「여호와의 증인」신자들이었는데 이들은 칼을 사용하지 말라는 성서(마태복음)의 구절에 근거하여 집총 등 모든 형태의 군사적 행위 및 전쟁을 거부하여 왔다. 병무청자료에 의하면 2000년대 들어 병역거부자 중 여호와의 증인 신자는 2005년. 8. 31. 현재 3, 807명에 달하며 전체 병역거부자 3, 825명의 99. 5%를 점유하고 있다. 「여호와의 증인」 신자들이 주류를 이루던 가운데 2001년도에는 불교신자 오태양씨가 불살생(不殺生)?생명존중의 종교적 신념과 평화봉사의 인생관에 따른 양심적 결단을 지키기 위해 사격?총검술 등 각종 군사훈련에 참여할 수 없다. 고 기자회견을 통하여 주장한 뒤 입영을 거부하였다. 2002년도에는 제7일안식일예수재림교회 신자 윤영철씨가 교리상의 이유로 신병교육대 입영 후 집총을 거부하였다. 같은 해 7월에는 대학재학사유 등 3회에 걸쳐 입영(기일)연기 후 입영통지 된 숭실대 졸업생 유호근씨와, 대학재학생인 임치윤씨(동아대), 나동혁씨(서울대)가 비종교적인 이유(반전?평화애호의 신념)로 잇따라 공개적인 병역거부를 선언한 후 입영을 기피하였다. 2003년 11월에는 염창근씨가 이라크 파병반대를 이유로, 2004년도 4월에 는 임태훈씨가 동성애 허용요구 등을 주장하며 병역을 거부하였다. 가장 최근인 2005년 12월 1일에는 평화활동가인 김태훈, 김영진, 이용석씨가 「양심에 따른 병역거부권 실현과 대체복무제도 개선을 위한 연대회의」가 주최한 기자회견을 통해 양심적 병역거부를 선언했다.
1.2. 양심의 자유 침해 여부
양심의 자유는 개인의 윤리적·도덕적 신념을 형성하고 유지할 수 있는 내면적 자유로, 모든 국민에게 보장되는 가장 근원적인 기본권이다. 헌법재판소에 따르면 양심의 자유는 양심 형성의 자유와 양심적 결정의 자유를 포함하는 내심적 자유일 뿐만 아니라, 양심적 결정을 외부로 표현하고 실현할 수 있는 양심실현의 자유도 포함한다. 양심의 자유에 대한 제한은 국가안전보장, 질서유지 또는 공공복리를 위하여 법률에 의해 가능하지만, 이 경우에도 과잉금지의 원칙에 부합해야 한다."
양심의 자유는 내심의 작용으로 머물러 있을 때 절대적 자유이지만, 외부로 표현되거나 실현되려 할 때는 상대적 자유에 해당한다. 양심의 자유가 외부로 표현되거나 실현되는 경우, 타인의 기본권이나 공공복리와 충돌할 수 있으므로 헌법 제37조 제2항에 따라 법률에 의한 제한이 가능하다. 다만 이 경우에도 입법 목적의 정당성, 방법의 적정성, 피해의 최소성, 법익의 균형성 등 과잉금지원칙을 준수해야 한다."
양심적 병역거부의 경우, 병역의무가 헌법상 가장 기본적인 국민의 의무인 국방의 의무를 구체화한 것으로서 그 입법 목적의 정당성이 인정된다. 그러나 양심적 병역거부자들을 일률적으로 형사처벌하는 것이 과연 국가안전보장이라는 목적을 가장 효과적이고 적절하게 달성하는 수단인지, 그리고 그로 인한 양심의 자유 침해가 최소화되어 있는지에 대해서는 의문이 제기된다. 특히 양심적 병역거부자들의 경우 현역복무나 공익근무요원제도 등 대체복무제도를 통해 국방의 의무를 다할 수 있는 방안이 존재하므로, 이들에 대한 형사처벌이 불가피한지 검토가 필요하다."
또한 현행 병역법이 양심적 병역거부자와 단순 병역기피자를 구분하지 않고 일괄적으로 처벌하는 것은 평등의 원칙에 반할 소지가 있다. 따라서 양심적 병역거부를 이유로 한 병역거부와 단순한 병역기피를 구분하여 전자에 대해서는 대체복무제도 등 보다 관용적인 조치를 마련할 필요가 있다."
결국 헌법상 기본권인 양심의 자유와 국방의 의무라는 가치 간의 조화로운 해결책을 모색해야 하며, 이를 위해서는 양심적 병역거부자에 대한 대체복무제도의 도입과 같은 합리적 방안이 강구될 필요가 있다고 할 것이다."
1.3. 과잉금지원칙 위배 여부
병역법 제88조 제1항 규정이 양심적 병역거부자에 대한 일률적인 처벌을 규정하고 있다는 점에서 과잉금지원칙에 위배될 소지가 있다.
우선, 병역거부에 대한 입법목적의 정당성은...